Dekanu u radu pomažu prodekani. Dekan može ovlastiti jednoga od prodekana da ga zamjenjuje u zastupanju i predstavljanju Fakulteta hrvatskih studija Sveučilišta u Zagrebu. Prodekane bira i razrješava Fakultetsko vijeće na dekanov prijedlog. U odluci o izboru pobliže se određuje područje djelovanja i nadležnost prodekana. Prodekani su članovi Dekanskoga kolegija i Fakultetskoga vijeća.
Prodekani Fakulteta hrvatskih studija Sveučilišta u Zagrebu
doc. dr. sc. Dario Vučenović, prodekan za nastavu i studente, izabran 18. prosinca 2019., e-adresa
izv. prof. dr. sc. Ivo Džinić, prodekan za znanost, izabran 18. prosinca 2019., e-adresa
prof. dr. sc. Stjepan Ćosić, prodekan za poslovanje, izabran 18. prosinca 2019., e-adresa
doc. dr. sc. Lovorka Brajković, prodekanica za karijerni razvoj i cjeloživotnu naobrazbu, izabrana 18. prosinca 2019., e-adresa
prof. dr. sc. Sanja Vulić Vranković, prodekanica za međunarodnu suradnju, izabrana 27. siječnja 2020., e-adresa